故事的發生地是在一座名為星元市的小城市 　　在市內的獅子尾山上聳立著一個閃耀著彩色光芒的巨大物體這個被命名為“摩諾之角”的物體實際上是16年前“怪獸之日”事件發生之後就矗立在那裏的“怪獸的角” 　　在世界各地同時出現怪獸的“怪獸之日”事件發生之後怪獸災害開始變得日常日本的地球防衛隊開始以武力對付怪獸的同時怪獸防災科學調查所（統稱SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）也為了防止怪獸災害的發生和受災情況擴大不斷對各地區進行科學調查和避難引導這個組織時至今日還在不停地調查“怪獸之日”出現的原因和城市中的“摩諾之角” 　　年僅7歲的“優馬”在獅子尾山與父母露營時遭遇了怪獸襲擊他奇跡般地生還並毫發無傷以此為契機“優馬”踏上了研究怪獸生物學的道路雖然有著痛苦的過去...